科学研究費
基盤研究(B) ，子牛の健全発育に資する消化管微生物の積極的な定着コントロールに関する研究，代表者・ 小池聡（2022−2025）
科学研究費基盤（C），健全な消化管発達の基盤となるウシ反芻胃の幹細胞ニッチの解明，代表者・鈴木裕（2021-2023）
科学研究費若手, 組織幹細胞から見たウシ反芻胃の発達メカニズムの解明，代表者・
科学研究費基盤（Ｂ），機能性アルキルフェノール含有植物の多面的活用による反すう家畜由来メタンガスの削減，代表者・小林泰男（2018-2021）
科学研究費若手（B），細菌由来分子に着目したルーメン上皮バリアの発達機序の解明，代表者・鈴木裕（2017-2018）
科学研究費 挑戦的研究（萌芽），反芻家畜の代謝性疾患を予見するためのバイオマーカー探索，代表者・小池聡（2017-2018）
科学研究費 挑戦的萌芽研究，乳組成改善を目指した新規セルロース系資材によるルーメン内酢酸生成の促進，代表者・小林泰男（2016-2017）
科学研究費基盤（C），黒毛和種牛の安定生産を保障するルーメン発酵と微生物機能の特定，代表者・小池聡（2014-2016）
科学研究費基盤 挑戦的萌芽研究，畜産領域におけるギンナン廃棄果肉の利活用ポテンシャル，代表者・小林泰男（2014-2015）
科学研究費若手（B），黒毛和牛のルーメン微生物相と産肉成績の関連探索，代表者・小池聡（2012-2013）
科学研究費基盤（Ｂ），低メタン産生牛の特定をめざしたルーメン菌叢プロファイリング指標の確立，代表者・小林泰男（2011-2013）
科学研究費基盤 挑戦的萌芽研究，反芻家畜の繊維消化を促進する繊維サプリメントの開発，代表者・小林泰男（2011-2012）
科学研究費若手（B），反すう家畜の代謝障害予防をめざしたアシドーシス誘発高リスク菌株の特定，代表者・小池聡（2010-2011）
農林水産省・新たな農林水産政策を推進する実用技術開発事業，畜産由来メタンガスの革新的削減をもたらす天然飼料添加物の開発，代表者・小林泰男（2008-2010）
科学研究費基盤（Ｂ），メタンの革新的削減をめざしたルーメン発酵制御物質の開発，代表者・小林泰男（2008-2010）
科学研究費若手（スタートアップ），草食動物消化管内での繊維分解において真に重要な細菌群の特定，代表者・小池聡（2006-2007）
科学研究費基盤（Ｂ），草食動物消化管からの難培養性細菌の分離と機能性評価，代表者・小林泰男（2005-2007）
科学研究費基盤（Ｃ），ルーメン内培養不能・機能性細菌群の探索と培養化へのチャレンジ，代表者・小林泰男（2003-2004）
科学研究費基盤（Ｂ），日本学術振興会，粗飼料主体飼養時における馬のタンパク質消化と窒素代謝に関する研究，代表者・田中桂一（2000-2002）
科学研究費基盤（Ｃ），日本学術振興会，分子生態学的手法による反すう動物ルーメン細菌群の動態解析，代表者・小林泰男 （1999-2000）
その他の競争的資金
ムーンショット型農林水産研究開発事業，内閣府（生物系特定産業技術研究支援センター），牛ルーメンマイクロバイオーム完全制御によるメタン80%削減に向けた新たな家畜生産システムの実現，小林泰男→小池聡（2020–2025）
伊藤記念財団 研究助成，ルーメン細菌叢制御を目指した子ウシ唾液抗体の分泌機能の解明，鈴木裕（2022）
栗林育英学術財団 研究助成，非侵襲的な免疫機能マーカーとしての子牛の唾液・糞便中免疫グロブリンG濃度の検討，鈴木裕（2021）
特別研究員奨励費，日本学術振興会，農業副産物による重要ルーメン菌群の繊維分解活性向上とその作用機序に関する研究，小池聡（2020）
一般研究助成，旗影会，新規抗菌性タンパク質による子牛の腸管バリア機能への寄与の解明，鈴木裕（2019）
一般研究助成，旗影会，子牛の健全な発育を促す新しい飼料給与アプローチの開発，小池聡（2019）
食肉に関する研究助成金，伊藤記念財団，黒毛和種肥育牛の安定的ルーメン発酵に貢献する重要細菌群の特性把握，小池聡（2018）
栗林育英学術財団 研究助成，仔牛の健全な消化機能の基盤となるルーメン幹細胞の同定，鈴木裕（2017）
秋山記念生命科学振興財団 奨励研究助成，乳房炎防除を目的とした多機能性の新規分泌タンパク質による乳腺バリア調節機能の解明，鈴木裕（2017）
食肉に関する研究助成金，伊藤記念財団，ルーメンアシドーシス防除を目指した新規ルーメン幹細胞培養モデルの開発，鈴木裕（2017）
スタートアップ支援費，文部科学省「科学技術人材育成のコンソーシアムの構築事業－次世代研究者育成システム」，鈴木裕（2017-2019）
食肉に関する研究助成金，伊藤記念財団，黒毛和種肥育牛への穀物飼料増給に対するルーメン微生物相の応答に関する研究，小池聡（2016）
秋山記念生命科学振興財団 一般研究助成，微生物間相互作用による植物セルロース分解促進メカニズムの解明，小池聡（2014）
公募型プロジェクト研究等支援経費による研究支援事業，北海道大学，セルロース分解を促進する微生物間相互作用の解明，小池聡（2013）
食肉に関する研究助成金，伊藤記念財団，乳肉および反芻家畜体内の抗酸化能を高めうる新飼料の機能評価，小林泰男（2013）
農水省・農業分野における温暖化緩和技術の開発（栄養管理による乳牛の消化管内醗酵に伴うメタン排出削減技術の開発），小林泰男（2010-2014）
地球規模課題国際研究ネットワーク事業（国際共同研究等の推進（農林分野における温室効果ガスの排出削減・吸収に関する技術開発），小林泰男（2010-2012）
ポストブランドニッポンプロジェクト，農林省，粗飼料多給による日本型家畜飼養技術の開発，小林泰男（2006-2010）
研究クラスター推進支援費，ノーステック財団，抗生物質を使わない安全・安心な北海道ブランド豚肉生産体系の開発，小林泰男（2006）
食肉に関する研究助成金，伊藤記念財団，反芻家畜に対する新規プレバイオティクスの選抜と応用，小林泰男（2005）
道内一次産品活用型バイオベンチャー育成支援調査研究費，北海道開発局／ノーステック財団，各種豆外皮の有用菌増殖因子としての機能性評価，小林泰男（2004）
先端的融合学問領域創成支援研究費（学内COEプロジェクト支援研究費），北海道大学，食糧バイオマスの転換とその機能性・安全性の確保，小林泰男（2004）
北海道重点領域研究費，北海道，飼料用とうもろこしの破砕処理効果と簡易耕栽培，小林泰男（2003-2005）
食肉に関する研究助成金，伊藤記念財団，ベロ毒素産生性大腸菌のキャリヤーとしての健康保菌牛における菌動態，小林泰男（2002）
食肉に関する研究助成金，伊藤記念財団，反芻胃における共役リノール酸生成と牛肉への移行に関する研究，田中桂一（2000）
特別研究員奨励費，日本学術振興会，共役リノール酸がラットの免疫反応及び脂質代謝に及ぼす影響に関する研究，田中桂一（2000）
食肉に関する研究助成金，伊藤記念財団，消化管内に棲息するベロ毒素産生性大腸菌の飼養学的動態コントロール，小林泰男（2000）
奨学寄附金
エス・ディー・エス バイオテック、 ルミナップによる牛メタン削減に関する研究、小池聡 （2020-現在）
林原、トレハロースの給与が子牛の健康に及ぼす影響、小池聡（2015-2017）
日和産業，カシュー粕給与が豚の糞便性状に及ぼす影響，小林泰男（2018）
Daicel，酢酸セルロースが各種動物の消化管環境に及ぼす影響，小林泰男（2014-現在）
雪印種苗，ペレニアルライグラス新品種のルーメン発酵性，小林泰男（2014-2015）
アクアクララ，新規メタン阻害物質によるルーメン発酵制御，小林泰男（2009-2010）
明治飼糧，プロピオン酸生成菌によるルーメン発酵の調節＆乾乳期制御とルーメン菌叢，小林泰男（2008，2010-2011）
物産バイオ，飼料添加物によるルーメン発酵制御，小林泰男（2009-2010）
日本配合飼料（フィードワン），ヒノキ抽出物によるルーメン発酵制御，小林泰男（2007）
日本ハム，ホエー豚の糞便細菌叢に関する研究，小林泰男（2006-2007）
出光興産，カシュー殻液および新規界面活性剤の畜産への応用，小林泰男（2006-現在）
全農，新規飼料原料および添加物の評価，小林泰男（2005-2006）
共立製薬／PICバイオ，新規生菌剤の作用効果に関する研究，小林泰男（2004-2006）
住友化学，新規飼料添加物がルーメン発酵におよぼす影響，小林泰男（2004-2005）
エコニクス／羅臼町，深層水の畜産領域への応用，小林泰男（2004）
ホクレン，機能性牛肉生産，田中桂一・小林泰男（2003-2005）
塩水港精糖／テイクオー，ウマ大腸細菌叢への新規オリゴ糖の給与効果，小林泰男（2002）